Tuy vẫn còn vài ý kiến khác, nhưng theo những nỗ lực tìm kiếm xác minh gần đây, nhiều nhà nghiên cứu sử đã đồng thuận rằng Võ Duy Dương đã bị cướp biển giết ở mũi Thị Khiết (Thần Mẫu) thuộc vùng biển Cần Giờ, khoảng tháng 10 năm 1866, lúc ông mới 39 tuổi.
Bởi căn cứ vào các nguồn:
- Trong báo cáo của Nguyễn Đức Hạnh gửi cho Chánh sở mật thám Pháp:
Người này tên là Dương đã bỏ trốn sau khi Tháp Mười bị chiếm. Ông ta lên chiếc ghe bầu để đi
Bình Thuận. Trước khi đến xứ này, ông đã bị tên Lý Sen, cầm đầu một đám cướp biển tấn công. Lý Sen đi trên một chiếc thuyền mành mà người ta gọi là "Thiền du", đã cho liệng xuống biển tất cả những người
An Nam đi trên chiếc ghe cửa này. Lý Sen lục lọi trong một chiếc rương lớn lấy tất cả áo quần, các cấp bằng và mũ miện của Thiên Hộ Nguyên soái tên Võ Duy Dương.
Nguyễn Đức Hạnh còn cho biết thêm sau đó tên Sen bị bắt vì Hai Sĩ tố cáo y đã cướp bóc nhiều ghe biển, và tên Sen đã cắn lưỡi chết trong ngục.
- Tác giả Schreiner trong quyển Đại Nam Quốc sử[6] cũng đã tái xác nhận nguồn tin này:
Người ta nghe tin ông Võ Duy Dương mới chết chìm tại phía mũi Đinh (Padaran), là nơi ông đánh với ba chiếc ghe tàu ô của đảng ăn cướp, quân ấy hạ hết người trên hai ghe.
- Trong dân gian ở xã Mỹ Thọ (Cao Lãnh, Đồng Tháp) còn lưu truyền nguồn tin là sau khi thất thủ ở Đồng Tháp Mười, Võ Duy Dương rút qua An Giang, Rạch Giá và bị cướp biển chặn đánh và chết ở cửa biển Rạch Giá (địa điểm chết khác với 2 tài liệu trên).
Ngoài ra, còn có hai tư liệu sau, cũng cho rằng ông Dương mất ngoài biển cả, nhưng nguyên do là vì bão tố làm cho đắm thuyền:
- Trong Đại Nam thực lục chính biên quyển XXXV [7]:
Thiên hộ Vũ Duy Dương uỷ người về Kinh dâng sớ kín. Vua sai Vũ Trọng Bình hỏi kín, cốt phải hỏi đến chỗ cùng bàn cho ổn thoả. Rồi được quan tỉnh Thuận - Khánh bảo rằng Duy Dương đi thuyền về tỉnh Bình Thuận đầu thú gặp gió bị đắm ở phận biển Thần Mẫu, sai tìm xác, chi đồ vật đem chôn, cấp cho mẹ hắn mỗi tháng 5 quan tiền, 1 phương gạo.
Thoát thân về với ghe bầu,Khỏi nơi Cần Hải tiền xu đoán thoàn.Giấc nồng đêm dậy nhảy khan,Hồn chôn bụng cá ưng oan chẳng cần.
